Funkcí ochranných skupin je izolovat specifické funkční skupiny během procesu syntézy, chránit je před interferencí a pouze odstranit ochranné skupiny po dokončení specifických reakcí, aby se obnovila aktivita cílové molekuly. Proces odstraňování ochranných skupin obvykle vyžaduje mírné podmínky, aby nedošlo k poškození cílové molekuly. Například způsob odstranění ROH z chráněných alkoholů je obvykle výroba etherů (ROR') nebo esterů (ROCOR') a jejich následná hydrolýza nebo okyselení za vhodných podmínek.
Stručně řečeno, role chránících skupin v syntéze PNA je klíčová, protože zajišťuje účinnou syntézu komplexních molekul, zabraňuje necílovým reakcím a lze je selektivně odstranit, když je to nutné pro získání purifikovaných produktů PNA.