Po pochopení důvodů pro nestabilitu peptidů bylo na základě dlouholetých zkušeností se syntézou peptidů potvrzeno, že existují následující řešení pro zlepšení stability peptidu.
1) Místně cílená mutace
Nahrazení zbytků, které způsobují nestabilitu peptidu, nebo zavedení zbytků, které zvyšují stabilitu peptidu pomocí genetického inženýrství, může zlepšit stabilitu peptidu.
2) Chemická modifikace
Existuje mnoho metod chemické modifikace peptidů, přičemž nejvíce studovaná je modifikace PEG. PEG je ve vodě rozpustná polymerní sloučenina, která je biologicky odbouratelná a netoxická in vivo. PEG může zlepšit rozpustnost peptidů po navázání, regulovat biokompatibilitu, zvýšit tepelnou stabilitu, odolat degradaci proteáz, snížit antigenicitu a prodloužit poločas in vivo. Výběr vhodných metod modifikace a kontrola stupně modifikace může zlepšit fyzickou zdatnost nebo posílit původní biologickou aktivitu.
3) Aditiva
Přidáním aditiv, jako jsou cukry, polyoly, želatina, aminokyseliny a určité soli, lze zlepšit stabilitu peptidů. Cukr a polyoly nutí více molekul vody obklopovat proteiny v nízkých koncentracích, čímž zlepšují stabilitu peptidů. Během procesu lyofilizace mohou výše uvedené látky také nahradit vodu a vytvářet vodíkové vazby s peptidy pro stabilizaci jejich přirozené konformace a mohou také zvýšit teplotu skelného přechodu lyofilizovaných produktů. Kromě toho mohou povrchově aktivní látky, jako jsou SDS, Tween, Pluronic, zabránit povrchové adsorpci, agregaci a precipitaci peptidu.
4) Sušení mrazem
Série chemických reakcí, ke kterým v peptidech dochází, jako je deamidace, beta eliminace, hydrolýza atd., vyžaduje účast vody, která může sloužit i jako mobilní fáze pro další reaktanty. Navíc snížení obsahu vody může zvýšit teplotu denaturace peptidů. Proto může lyofilizace zlepšit stabilitu peptidů.